2001年，楚树龙从中国现代国际关系研究所调入清华大学公共管理学院，创立了战略研究所，并担任所长。战略研究所主要研究国家战略、发展战略、外交战略、安全战略；研究范围是美国、中国、欧洲和亚洲。

楚树龙担任战略研究所所长后，召开过两次重大战略研讨会。2001年10月召开的21世纪国家战略研讨会，邀请了外办及外交部有关人员，讨论各国外交、世界形势的走向，出版了论文集《世界、美国和中国——新世纪国际关系与国际战略探讨》；2003年3月又在海南三亚主持首届“WTO和两岸关系”论坛，邀请台湾专家研究两岸关系今后的走向。

“WTO和两岸关系”论坛定期在两岸举行。楚树龙与台湾学界的关系比较密切，曾多次去台湾访问，接触到岛内各阶层人士，研究各种信息，探寻两岸走向统一的途径。

在楚树龙看来，无论是李登辉还是陈水扁，坚持推行“台独”立场是十分危险的，也是不可能的。

他还记得多年前在美国与台湾萧美琴交锋的情景。

20世纪90年代中期，楚树龙去纽约出席一个有关台湾问题的非官方会议。这个会议由美国外交全国委员会主办，出席者有大陆、台湾和美国学者。台湾陈水扁的顾问，民进党“国际部”主任萧美琴也出席了会议。萧美琴在会议上大放厥词。她说：两岸关系就像男女恋爱，大陆是个大小伙子台湾是个小姑娘，现在小姑娘不爱你这个大小伙子。你这小伙非要人家爱你。楚树龙听后气愤地说：你说这话太不符合事实了，两岸之间不是在谈恋爱，根据历史，根据国际法，两岸本来是一家，是一个国家。现在不是嫁不嫁的问题，是你要离婚，你要分裂，是你不要这个家！因此你的比喻是完全错误的。萧美琴被驳得哑口无言。

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