许多人都认为真正作此妖书的另有其人。就连急于结案的内阁大臣沈一贯、朱赓事后都称有关证据“空洞繁言，含糊难明，无足推求事实”。他们认为《续忧危竑议》一文论述深刻，非得熟悉宫廷内幕及官场上层动态，非朝廷大臣不能为。

顺天府除名生员皦生光作为妖书案嫌犯被捕后，随着一系列证据和证人浮出水面，声名不佳的他被认定是妖书案的作者兼主谋，受到了严刑拷打。但皦生光只承认以前刻书诈骗事实，对“妖书”一事拒不供认。于是锦衣卫将其妻妾、儿子皦其篇及刻字匠人徐承惠等人一起缉捕入狱，当着皦生光的面施以酷刑，皦生光仍然不肯招认。

没有主犯认罪的供词，案子无论如何也不能了结。万历皇帝心中也盼着早日结束这场风波，听说捉住了真凶，如获至宝，忙下了一道圣旨，称只要皦生光招认罪名及招出同谋，便饶了家属，若仍不招，家属一个也不饶。皦氏家人跪听圣旨后，都哭着哀求皦生光从实招认，但皦生光仍然顶住诱惑，拒不承认。

首辅沈一贯不欲此事再继续闹大，命人当着皦生光的面拷打其家人。其妻子、小妾、儿子都戴着重枷，被刑吏用粗针刺进十指，哀号连天。参与会审的御史沈裕厉声道：“恐株连多人，无所归狱。”皦生光受到诱供，又不堪忍受家人受苦，承认是自己对朝廷不满，一手炮制了妖书。供词如下：

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