段系决定不顾一切改选总统，南方的桂系则尽一切努力想延长冯国璋的总统任期。7年8月31日广州非常国会宣言，将继续召集护法会议，并进行总统的选举。对于所有北京政府缔结的对外条约和公布的法律，一概认为无效。政学系的议员进一步主张即选冯国璋为大总统。9月2日广州的军政府发表宣言，否认安福国会有选举总统之权，如果选出了总统，西南决不承认。

段系既然决心要选举，为了怕发生意外，于是召奉军一旅开到南苑。张作霖向北京政府呈请恢复张勋的自由，而康有为又公然到了北京，于是北京内外人心皇皇，以为又要发生第二次复辟。

9月4日，安福国会组织两院选举委员会，到议员436人，徐世昌以425票当选为总统。据说投票前每位议员都领了出席费和一张徐世昌亲笔题名的照片，少数不受控制的议员则以每张票5000元收买，由安福系所办的华通银行付款。整个大选经费是从日本借款中提出的。议员们在投票后，段内阁分别不同身价聘他们为顾问、咨议，每月送干薪200元到1000元不等。

9月5日继续选副总统，两院议员到者仅88人，因人数不足流会。副总统本有四个人有希望竞选，是冯国璋、段祺瑞、张作霖、曹锟。冯、段已有承诺同时下野，张作霖亦自动放弃，于是只剩下曹锟一人。交通系主张不要选北洋军人，以免西南更走极端，俾让徐世昌发动和平。积极主张的是梁士诒，北洋部分军人认为梁是广东人，想促成南方人当副总统，可是梁士诒则说他是希望缓选副座以留待对统一和平有功之人。梁曾有函致北洋军人申述自己意见书云：

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